"Brynhildr in the Darkness" adlı dizinin 1. sezonunun 1. bölümü olan "Fate"te, baş karakterimiz Ryouta, lise arkadaşı Kuroneko'nun trajik ölümünden yıllar sonra, yeni bir öğrenci olan Neko ile tanışır. Neko, Kuroneko'nun kardeşi olduğunu iddia eder ve Ryouta'nın hayatını değiştirecek sırları ortaya çıkarır. Gerilim dolu bir atmosferde, Ryouta ve Neko, bilimsel deneylerin sonuçları olan özel yeteneklere sahip diğer kızları bulmak için birlikte çalışmaya başlar. Ancak, bu arayış onları karanlık tehlikelerin ortasına sürükler ve geçmişin sırlarını açığa çıkarmak için mücadele etmek zorunda kalırlar.