Six-Colored Time Machine, lise öğrencisi Kashiwagi Aoi'nin çocukluk arkadaşlarıyla bir araya gelmesiyle başlar. Festivalin açılışını duyuran kasaba yayınında, eski arkadaşlarıyla karşılaşan Aoi, beklenmedik bir sırrı öğrenir. Ryusei, çocukluk arkadaşı Naosumi'nin ölümünü gördüğünü ve zaman makinesiyle "şimdiki zamana" döndüğünü iddia eder. Dahası, Aoi ve diğer beş arkadaşının da zaman sıçraması yaşadığı ortaya çıkar. Altısı, gelecekteki ölümlerini engellemek ve gerçeği aydınlatmak için zamanı tekrar tekrar sıçrarlar.