Nine Puzzles, Yoon Ena adında genç bir kadının amcasının ölümüyle başlayan gizemli bir olayı çözmek için verdiği mücadeleyi konu alıyor. Yoon Ena, amcasının ölümüyle ilgili hiçbir anıya sahip olmamasına rağmen, başroldeki Dedektif Hansaem tarafından ana şüpheli olarak görülüyor. Amcasının ölümüyle bağlantılı olan bulmacayı çözmek için gizemli bir yolculuğa çıkan Yoon Ena, gerçek katilin kim olduğunu ortaya çıkarmak için suçluların profilini araştırmaya başlıyor. Bu sırada, kendi geçmişi hakkında da çeşitli sırlarla karşılaşıyor ve gerçek kimliğini keşfetme yolculuğuna çıkıyor.