Kamisama Kiss, bir lise kızı olan Nanami'nin hayatını konu alıyor. Nanami, bir gün bir yabancı tarafından terk edilmiş Toprak Tanrısı'nın tapınağında bulur. Bu tapınakta yaşayan tilki iblisi Tomoe, Nanami'yi tapınak tanrısı olarak seçer ve ona Tanrı'nın sorumluluklarını öğretmeye başlar. Nanami'nin hayatı, bu beklenmedik görevle birlikte tamamen değişir ve yeni tanrısal güçlerle başa çıkmak zorunda kalır. Ayrıca, bu dünyada başka yaratıklar da vardır ve Nanami, bu yaratıklarla etkileşime girdikçe onların doğasını ve sorumluluklarını da öğrenir. İlk başta bu dünya ve görevleri Nanami için çok fazla gelir ancak zamanla, tanrısal güçlerinin sorumluluklarını kabul eder ve bu dünyada kendi yerini bulur. Ayrıca, Tomoe ile arasındaki ilişki de dizinin temel taşlarından biridir ve bu ilişki zamanla gelişerek izleyiciyi de büyüler.